Schweizerische Hochseeschiffe werden im Schweizerischen Seeschiffsregister eingetragen. Einziger Registerhafen ist gemäss Bundesgesetz über die Seeschifffahrt unter Schweizer Flagge (Seeschifffahrtsgesetz) Basel. Seit seiner Einführung ist die Geschäftsführung des Schweizerischen Seeschiffsregister dem Grundbuchverwalter des Kantons Basel-Stadt übertragen. Sinngemäss wird heute das Register von der Abteilung Grundbuch des Grundbuch- und Vermessungsamtes geführt.

Das Register wird in Buchform geführt. Es umfasst Angaben über das Eigentum, die Pfandrechte und Nutzniessungen. Die Eintragungen erfolgen handschriftlich.

Im Schiffsregister werden auf Antrag hin Schiffe, analog wie Grundstücke im Grundbuch, eingetragen. Der Eintrag kann jedoch erst erfolgen, wenn die entsprechenden Bescheinigungen des Schweizerischen Seeschifffahrtsamtes vorliegen.

Das Schweizerische Seeschifffahrtsamt führt ein separates Register für die heute rund 1700 Jachten und Kleinboote unter Schweizer Flagge (z.B. Hochseejacht auf dem Mittelmeer), deren Eigentümerinnen und Eigentümer die schweizerische Nationalität haben müssen.